San Ciprianu et ses environs ont toujours été fréquentés depuis la préhistoire. De nombreux sites archéologiques en témoignent.
Dans l’antiquité, un comptoir romain y était installé près de l’émissaire de l’étang.
Au moyen-âge, les envahisseurs successifs forcèrent les habitants à se retirer vers les montagnes. Parmi eux, les génois qui occupèrent la Corse pendant 5 siècles. C’est durant cette longue période que furent construites les tours génoises, celle de San Ciprianu aurait été édifiée aux environs de 1590.
Plus tard et jusqu’au début du XXème siècle, San Ciprianu faisait commerce avec l’Italie. De son port naturel, partaient des bateaux chargés de charbon de bois.
Ce n’est qu’à partir de la seconde moitié du XXème siècle que San Ciprianu s’est tourné vers le tourisme avec la construction de nombreuses résidences secondaires.